Zeigen sich die ersten Keimsprossen nach der Aussaat, ist noch lange nicht gewährleistet, dass daraus kräftige Pflanzen heranwachsen. Pilze, Mikroorganismen und Insekten können den Aufwuchs beeinträchtigen.
Wenn die Sämlinge einen schwarzen Stängel bekommen und umfallen, spricht man von der Schwarzbeinigkeit. Bei anderen Keimlingskrankheiten verfaulen die Samen, zum Beispiel von Erbsen und Bohnen, im Boden oder werden angefressen.
Häufig tritt dieses Problem bei zu hoher Luftfeuchtigkeit, stauender Nässe und der Verwendung zu nährstoffreichen Bodens auf. Durch richtige Saatvorbereitungen kann man diesem Problem meist aus dem Weg gehen. Als Anzuchterde empfiehlt sich Gartenboden, der Sand, etwas reifen Kompost sowie als Beimischung Gesteins- und Tonmehl enthält. Hat man in der Vergangenheit bereits Ärger mit Keimlingskrankheiten gehabt, sollten der Boden und später die Jungpflanzen mit Schachtelhalmbrühe als Vorbeugung gegen Pilzkrankheiten übersprüht werden.
Bei der Aussaat ist darauf zu achten, möglichst dünn zu säen. Nach dem Keimen sollten die Frühbeetkästen regelmäßig gelüftet werden, und die Jungpflanzen sind möglichst früh zu pikieren, da ein zu enger Stand Pilzkrankheiten begünstigt.
Beim Auspflanzen ins Freiland kann man dann noch einmal mit einem Wurzelbad möglichen Erkrankungen vorbeugen, indem man die Setzlinge mit Wurzeln und Stiel in ein Bad aus Schachtelhalmbrühe und Lehm taucht.
